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海洋微生物菌种保藏管理中心（厦门市大学路178号）成立于2004年，挂靠于自然资源部第三海洋研究所，是专业从事海洋微生物菌种资源保藏管理的公益基础性资源保藏机构，负责全国海洋微生物菌种资源的收集、整理、鉴定、保藏、供应与国际交流。该中心依托于自然资源部海洋生物遗传资源重点实验室，中心与实验室在海上调查、新资源采集、应用潜力评估、资源共享与平台建设等方面开展了大量工作。从2004起本中心作为牵头单位承担了科技部“海洋微生物资源整理、整合与共享试点”项目，整合了包括自然资源部第三海洋研究所、中国海洋大学、中国极地研究中心、厦门大学、中国科学院微生物研究所、自然资源部第一海洋研究所、自然资源部第二海洋研究所、山东大学和中山大学等10家涉海科研院所在内的近海、深海与极地的微生物菌种资源。初步建立了我国第一个具有代表性的海洋微生物菌种保藏管理中心，具备了微生物菌种的保藏、管理与服务的基本功能。目前库藏海洋微生物3.2万株，这些菌分属于1380个属，5230个种。其中细菌2.9万株，酵母1000余株，丝状真菌1000余株，古菌57株以及噬菌体6株。

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