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国家水生生物种质资源库是由科技部和财政部支持建立的国家科技资源共享服务平台，属于基础支撑与条件保障类国家科技创新基地。2019年6月5日，科技部财政部联合发文，发布国家科技资源共享服务平台优化调整的名单，依托水生所组建的国家水生生物种质资源库位列其中，成为30个国家级生物种质与实验材料资源库之一。平台由六大子平台组成：国家斑马鱼资源中心，牵头完成“斑马鱼1号染色体全基因敲除计划”，已成为国际学术界公认的全球三大斑马鱼资源库之一；藻类和原生动物种质资源库，由资源保藏量国际领先的中国科学院淡水藻种库和四膜虫种质资源库组成；长江鱼类种质资源库，拥有国际同类资源最大的银鲫等大宗淡水鱼类种质资源库；水生植物种质资源库，建成全球规模最大的浮萍种质资源库；特色水生动物种质资源库，涵盖我国独有或特色的实验鱼类稀有鮈鲫、水产病原和饵料生物等重要特色资源；珍稀水生动物资源库，拥有全球唯一的人工环境中长江江豚繁育保护群体，是国内外最重要的、最具影响力的淡水豚类研究平台。

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